הדירוג הגבוה של איכות המחקר בישראל נובע מההשקעה שנעשתה בעבר.
הקיצוצים בתקציב ההשכלה הגבוהה והפחתת שכר הלימוד, בניגוד למגמה העולמית של העלאתו, צפויים לבוא לידי ביטוי בהורדת דירוגה של ישראל בהשוואות הבינלאומיות.
ההתרחבות המהירה של ההשכלה הגבוהה והשחיקה במימון הציבורי מחייבים את הגדלת התקציבים להשכלה הגבוהה ולהכניס שינויים מהותיים באופן הקצאתם.
חשוב במיוחד להגביר את התחרותיות באוניברסיטאות ובמכללות, ולשפר את התמריצים הניתנים על ידי הועדה לתכנון ותקצוב (ות"ת) להגברת איכות ההוראה והמחקר.
מערכת ההשכלה הגבוהה עברה בשני העשורים האחרונים שינויים רבים: (א) מספר הסטודנטים גדל פי שלושה - קצב כפול מזה של גידול האוכלוסייה - עם הקמת המכללות האקדמיות, שחלקן הגדול מתוקצב על ידי המדינה; (ב) הפריסה של המכללות ברחבי המדינה הגדילה במידה ניכרת את הנגישות של ההשכלה הגבוהה, במיוחד בפריפריה; (ג) תקציבי ההשכלה הגבוהה נשחקו ריאלית בעשור האחרון - שכר הלימוד לתואר הראשון פחת בהדרגה ב-26 אחוזים, בעקבות יישום המלצות "ועדת וינוגרד" (2001), וצומצמה השתתפות המדינה בתקציבי המוסדות. בשנים האחרונות, בעטיו של המשבר הכלכלי העולמי, פחתו גם ההכנסות העצמיות של המוסדות מתרומות.
מפני השינויים הרבים במספר הסטודנטים ובהרכבם, לצד ירידה ריאלית במימון הציבורי, מודל התקצוב הקיים, המיושם מאז תחילת שנות התשעים, לוקה בחסרונות, ואלה באים לידי ביטוי באיכות המחקר וההוראה של המוסדות להשכלה:
המודל הקיים אינו מעודד את המוסדות להתחרות על איכות המחקר. מאחר שמחקר הוא תפוקה ספציפית לתחום, הקצאת תקציב מחקר ברמת האוניברסיטה (block grants) אינה מניעה את החוקר להביא למקסימום את מחקרו. שיטה זו מבטלת את הקשר הישיר בין התקציב המגיע לאוניברסיטה לבין המחקר ואיכותו.
א)
המודל גם אינו מעודד את איכות ההוראה. הקצאת הכספים לפי מספר המסיימים בתוך פרק הזמן התקני בלי להביא בחשבון את איכות ההוראה מעודדת את המוסדות להגדיל את מספר הסטודנטים המסיימים את לימודיהם בזמן התקני, לפעמים על חשבון רמת הלימודים.
ב)
תעריפי ההוראה נקבעו לפי התעריפים שהיו נהוגים בשתי אוניברסיטאות ב-1990. התעריפים משקפים את המצב ששרר באותן אוניברסיטאות בשנת המוצא, שלא ברור אם נכון לשמר אותו. מאז התעריפים לא נבדקו, אלא רק עודכנו בהתאם לשינויים במחירים.
ג)
ד) המודל לא מתייחס לצורך להבטיח הוראה ומחקר נאותים בתחומי לימוד ייחודיים בעלי חשיבות לאומית (יהדות, היסטוריה של עם ישראל,ספרות עברית, לשון עברית, לשונות היהודים ועוד)..
ג)
הספרות הכלכלית בוחנת זה למעלה מעשור דרכים לתמרוץ יעיל של ההשכלה הגבוהה. ספרות זו מצביעה על כמה עקרונות לתקצוב יעיל של ההשכלה הגבוהה שראוי ליישם אותם גם בישראל. אלו נדונים בהרחבה בתיבה.
